丝状真菌黑曲霉广泛应用于生物技术行业的化学品和酶的生产。目前，由于缺乏有效的遗传工具，这种有价值的生物的改良工程受到了阻碍。本团队开发了一种基子Cre-loxP的黑曲霉基因编辑系统，并探讨了该系统在黑曲霉细胞工厂构建中生产各种有机酸的应用。本团队检测了两个已建立的诱导系统，木聚糖酶A基因启动子Pxln和Tet-on系统，以驱动cre的表达，从而选择标记物hyh的缺失。在诱导条件下，Pxln驱动的cre驱动菌株loxP位点特异性重组效率约为2%，而Tet-on驱动的cre位点特异性重组效率约为34%，该菌株作为进一步遗传工程的平台菌株。

利用构建的遗传操作系统，本团队构建了含有不同拷贝的草酰乙酸乙酰水合酶基因(oahA)的菌株，所得菌株草酸产量增加了3.1倍。此外，通过四步遗传操作(oahA缺失、pyc、mdh3和C4-二羧酸转运蛋白基因c4t318插入)，获得了高效的苹果酸生产菌株。获得的菌株摇瓶培养产量为120.38g/L,补料分批发酵产量为201.24g/L。本研究内容已申请专利（申请号：CN201810985901.9）。所构建的改良的Cre-loxP系统为黑曲霉无痕基因操作提供了新的工具，对有机酸生产行业中所有菌株的改造提供了新方法；突变菌株苹果酸产量达到了201.24g/L，有非常强的工业应用潜力，且可以作为耐酸菌株用于各种有机酸生产，若实现工业化生产，会具有非常大的社会效益。