原料油脂费用占生物柴油生产成本的 80％以上，目前原料油脂价格高居不下并不断上涨，制约了生物柴油产业化和商业化。国内外生产生物柴油的主要原料是大豆油、菜籽油、花生油、棕榈油、地沟油等。它们与农业争地，与食品及饲料争原料，单位生物量的产油率低，生产周期长，消耗大量的水资源、化肥和能源。
  清华大学发明了微藻异养发酵生产生物柴油的新技术，其技术特征在于：通过对一种特别藻株特殊品系的筛选和代谢途径的改变，Chlorella protothecoides 0710 strain 由光合自养转变为化能异养，细胞由绿变黄，生长繁殖更快，油脂含量提高 3~4 倍，达细胞干重的 61％ 以上。又将工业界成熟的发酵技术应用于高油脂异养微藻的生产，进一步提高发酵规模和细胞密度，现细胞发酵密度超过了 100g/L，获取了大量异养干藻粉后提取油脂，经转酯化反应生成了高质量的生物柴油。
  该技术的创新点：
（1）发明了微藻异养发酵生产生物柴油新技术，打通了以糖、淀粉、有机废水、二氧化碳等为原料，工业自动化条件下高效生产生物柴油的新途径；
（2）异养藻细胞发酵产量和油脂含量不断创造新高（细胞干重 100 g/L，含油量 60％），提高了该技术工业化生产的经济性。
（3）在发酵前引入利用 CO2 和光合作用来减少糖或淀粉的消耗，降低成本的同时减少温室气体的排放。
该技术获 3 项国家发明专利和 2007 年全国发明大会奖。
  应用目标：与有实力的企业合作，在工业化规模上进一步降低微藻发酵过程的成本，实现该技术的商业化运作。
主要生产原料为以下 4 类之一：（1）二氧化碳，（2）甜高粱、甘蔗等糖质原料，（3）木薯、玉米等淀粉质原料，（4）含糖有机废水等。
  生产设备：微藻培养池、光生物反应器、工业发酵设备及厂房为主。生产消耗：电能、蒸汽等（无污染等环境问题）。
  产品应用：微藻生物柴油质量好，应用范围与目前市场上销售的柴油完全相同。
投资风险：本技术创新性强，没有前人的实践、范例和经验；通过工业化和规模化来实现进一步降低成本的目标；高技术、高投入、预期高回报的同时也存在投资风险。